Boto, Bao dan rakan-rakan bertemu raksasa batu semasa bermain sorok-sorok, Mereka terkejut lalu melarikan diri.

Beluga menyanyi lagu yang indah di atas pentas bersama balang harta karunnya. Tiba-tiba sekumpulan Orca yang merupakan sekumpulan paus pembunuh telah memecahkan pentas dan mencuri balang kaca tersebut!

Bandar Dongdong bergerak kerana arus telah berubah! Semasa Beluga, si ikan paus Putih sedang mengalihkan balang harta kegemarannya, balang kacanya terlepas dek arus yang kuat. Malangnya, Boto, si ikan lumba-lumba merah telah terperangkap di dalam balang kaca tersebut sewaktu cuba membantu si Belu...

Hari ini adalah hari berpindah bagi Bandar Dongdong. Monodon, si Paus Unicorn ingin mengucapkan selamat tinggal kepada rakan-rakannya. Tetapi malangnya, tanduk Monodon terikat pada rumpai laut. Monodon cuba membuka ikatan rumpai laut yang tersangkut di tanduknya dengan tergesa-gesa, tetapi tanduk...

Laut Dalam, tersangat gelap dan merbahaya. Kakarot, si ikan paus sperma, pergi meneroka untuk melakar peta laut dalam buat rakan lautnya yang lain. Kakarot memberitahu Dr. Turtle bahawa petanya telah lengkap melalui panggilan video. Namun, tiba-tiba, panggilan video tersebut terputus dan diakhiri...

Rupanya, Rojo si penjahat laut yang telah menculik Kakarot untuk peta laut dalam! Seluruh dunia lautan boleh berada dalam bahaya jika peta laut dalam jatuh ke tangan penjahat Rojo. Dr. Turtle dan Sea Five Musketeers akan cuba untuk menyelamatkan Kakarot dan Peta Laut Dalam!

Kakarot dan Peta Laut Dalam telah selamat kembali ke Bandar Dongdong. Rakan-rakannya mengadakan majlis bagi mengalu-alukan Kakarot. Rojo, yang kehilangan peta laut dalam telah menghantar seorang pengintip ke Bandar Dongdong.

Sotong yang bermutasi telah menyebarkan khabar angin yang tidak elok di mana hutan rumpai laut telah mati dan padang pasir telah tercipta disebabkan oleh pendudk di Bandar Dongdong. Rakan-rakan laut yang lain menjadi marah lalu menjerit "Kota Dongdong, patut pergi dan hilang".

Monodon yang berani dan suka mengembara mempunyai satu hobi yang merbahaya di mana dia gemar menunggang arus yang kuat. Hari ini, Monodon telah dilanda arus yang sangat kuat yang telah menyebabkannya jatuh ke dalam pusaran air. Disebabkan pusaran yang besar itu, Monodon telah dihanyutkan arus ke ...

Rupa-rupanya, Dr. Turtle dan Rojo si penjahat laut merupakan rakan sewaktu kecil. Dr. Turtle mereka bentuk Bandar Dongdong yang bergerak di bawah laut, dan mengimpikan dunia laut yang bahagia. Namun, Rojo menjadi penjahat kerana cemburunya terhadap Dr. Turtle dan juga keinginannya untuk mengambil...

Pengacau comel, Beluga! Rakan-rakan berkata 'Beluga, sila pergi dari sini!', kerana Beluga sering melakukan kesalahan. Lalu, Beluga meninggalkan Kota Dongdong dengan hati yang hancur. Beluga telah berbohong untuk berkawan di bandar barunya. Beluga memberitahu pembohongan lain untuk menutup pemboh...

Semasa mencari rahsia membuka dan menutup pintu Bandar Dongdong, sotong mutasi mendapat tahu bahawa kunci untuk membuka pintu Bandar Dongdong adalah melalui lagu si Beluga. Rojo mengarahkan sotong mutasi untuk menculik si Beluga. Namun begitu, sotong yang telah pergi ke bandar Dongdong untuk menc...

Rojo, berpendapat bahawa jika dia menyanyi dengan baik seperti Beluga, pintu Bandar Dongdong terbuka. Lalu, Rojo pun menyanyi untuk membuka pintu Bandar Dongdong. Apabila pintu Bandar Dongdong tidak dibuka, Rojo, yang sudah lama menyanyi dengan kuat, rebah lalu memuntahkan dakwat hitamnya.

Pembuat masalah, Orca, seekor ikan paus pembunuh, menyedari kesalahannya pada masa lalu dan memutuskan untuk menjadi seekor kawan yang baik. Namun, rakan-rakan di bandar Dongdong masih mengelak daripada Orca.

Rojo membuat istananya sendiri dan membuli orang Bandar Rojo. Tidak dapat melihat kesalahan Rojo, sotong mutasi pergi ke Dr. Turtle di Bandar Dongdong, yang baik kepadanya, untuk meminta bantuan. Rakan-rakan Bandar Dongdong, yang mengetahui tentang perbuatan jahat Rojo melalui perubahan sotong mu...

Boto dan Bao pergi untuk mencari kapal harta karun Rojo dengan peta yang dilukis oleh Sotong Mutasi. Namun, laluan ke kapal harta karun Rojo dipenuhi dengan perangkap yang menakutkan seperti perangkap batu, jalan bercabang, obor-obor beracun, bilik lumpur, dan terowong tersembunyi!

Seekor ikan badut, Momo, telah ditangkap oleh Shark and Hammer dan dibawa ke tapak pembinaan kapal selam Rojo untuk dijadikan tawanan pertukaran untuk menyerahkan peta harta karun kepada Shark. Boto dan Bao telah mengetahui di mana Momo berada dan pergi untuk menyelamatkan Momo.

Boto dan Bao mendapat tahu bahawa kawan-kawan laut terperangkap di penjara bawah tanah kapal harta karun Rojo dan sengaja dibawa pergi oleh tentera jerung. Sebaik sahaja Boto dan Bao meyakinkan Rojo dan tentera jerung, Monodon dan Manta-ray menyerang penjara bawah tanah kapal harta karun itu.

Rojo mengarahkan Shark untuk menyerang Bandar Dongdong yang ketiadaan Boto dan Bao. Shark telah mengebom Kolam Kristal, pusat bandar Dongdong. Bandar Dongdong telah kehilangan sumber kuasa utamanya dan penduduk bandar Dongdong sedang panik dan berada ketakutan dengan ketiadaan Boto dan Bao.

Dengan kerjasama berpasukan Boto, Bao, dan rakan laut, mereka semua bersama-sama berjaya mengalahkan Rojo dan Tentera Shark. Rakan-rakan laut yang dipenjarakan di penjara bawah tanah Rojo juga selamat pulang ke Bandar Dongdong. Dr Turtle terkejut bahawa salah satu kumpulan mempunyai bapanya yang ...